Mohamed Elneny stiess anfangs 2013 zum FC Basel 1893. Nach der Verpflichtung von seinem Landsmann Mohamed Salah, war der 1.80 Meter grosse Elneny erst der zweite ägyptische Spieler in der FCB-Clubgeschichte. Vor seinem Transfer nach Basel hatte er in der Jugendabteilung von Al Ahly Kairo gespielt und ab 2010 die Fussballschuhe für Constractors SC geschnürt.

Seit Januar 2013 steht Mohamed Elneny beim FC Basel 1893 unter Vertrag. Der Kontrakt, der ursprünglich bis 30. Juni 2017 gültig war, wurde am 9. August 2014 vorzeitig um ein Jahr verlängert. Elnenys Vertrag hat nun neu eine Laufzeit bis 30. Juni 2018.

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