Fabian Frei stiess im Sommer 2004 vom FC Winterthur in den Nachwuchs des FC Basel 1893. Dort spielte er sich Stufe für Stufe hoch, bis er im Kader der ersten Mannschaft stand, dort erste Erfahrungen auf höchster Ebene sammelte und 2008 mit dem FCB auch erstmals Meister sowie Cupsieger wurde. Um zu mehr Spielpraxis zu kommen, wechselte Frei im Jahr 2009 für zwei Jahre zum FC St. Gallen, bevor er nach seiner Rückkehr nach Basel im Sommer 2011 endgültig zum Leistungsträger im FCB-Mittelfeld und zum Schweizer Nationalspieler (12 Länderspiele, 2 Tore) reifte. In der Folgezeit gewann Frei mit dem FCB noch einmal den Cup (2012) und viermal in Serie den Schweizer Meistertitel (2012 bis 2015).
Vor zweieinhalb Jahren wurden Fabian Freis starke Leistungen im rotblauen Trikot mit einem Transfer in die deutsche Bundesliga zum FSV Mainz 05 belohnt. Für die Mainzer absolvierte der Ostschweizer, der am 8. Januar 2018 seinen 29. Geburtstag feiert, seither 62 Pflichtspiele und erzielte dabei drei Tore. Nun also kehrt der Mittelfeldspieler nach Basel zurück und trägt künftig das FCB-Trikot mit der Rückennummer 6.
Sportdirektor Marco Streller ist hoch erfreut über die Rückkehr des Schweizer Nationalspielers, der für den FCB über alle Wettbewerbe gesehen bereits 255 Spiele absolviert und dabei 27 Tore erzielt hat: „Jeder kennt die grossen Qualitäten von Fabian Frei. Er kann das Spiel lesen und leiten, kann strategisch vorgehen und kreativ sein, arbeitet gut gegen hinten und ist gleichzeitig torgefährlich. Ich freue mich sehr, dass ich einen so tollen Fussballer und ehemaligen Mitspieler wieder in unseren Reihen begrüssen darf.“