Kipfer bestritt für die erste Mannschaft des FC Basel 1893 zwischen 1936 und 1943 zehn Wettbewerbsspiele. Etwas später stand er dann vor einem Wechsel zum Racing Club Strassburg, der Ausbruch des Zweiten Weltkrieges verhinderte dann aber diesen Transfer.

Ernst Kipfer blieb bis zu seinem Ableben dem FCB als Mitglied und interessierter Anhänger eng verbunden, was eine kleine Club-Delegation auch anlässlich eines Besuches bei seinem 99. Geburtstag auf eindrückliche Weise hatte erleben dürfen.

Den Angehörigen entbietet der FC Basel 1893 sein herzliches Beileid.