Werner Decker wechselte 1964 von seinem Stammverein FC Concordia Basel zum FCB und war während vier Jahren ein wichtiges Mitglied der Reservemannschaft, deren Captain er auch über längere Zeit war. Für die erste Mannschaft des FCB bestritt der Mittelfeldspieler 23 Wettbewerbsspiele. Nach seiner Zeit als aktiver Spieler blieb Decker dem Fussballsport als Trainer erhalten. Er trainierte unter anderem die 1. Mannschaften des FC Laufen, des FC Pratteln und des FC Concordia. Decker verübte seine Arbeit an der Seitenlinie stets mit viel Herzblut und zeigte dabei grosses Engagement. Bei „Congeli“ war er zudem als Übungsleiter von verschiedenen Nachwuchsteams tätig gewesen und gilt als Förderer von Hakan Yakin, der vor seiner Fussballkarriere in Deckers Metallbaufirma arbeitete.
Auch dem FCB blieb Decker nach seiner Zeit als Aktiver verbunden, so war er Mitglied der Seniorenabteilung und bis vor wenigen Jahren immer wieder an Anlässen dieser Abteilung anzutreffen.
Werner Decker verstarb am 12. Juni 2017 nach schwerer Krankheit im Altersheim Lehenmatt an der Stadionstrasse. Der FC Basel 1893 entbietet Werner Deckers Angehörigen sein ganz herzliches Beileid.